前作のクリアデータがあると、本編のシナリオが一部変化する他、ボーナスアイテムを入手することができます。
◆PS4「英雄伝説 閃の軌跡I:改」の場合
【手順】
1.「閃の軌跡II・改」を起動する
6.NEW GAME→「閃の軌跡III」のセーブデータ読み込み(はい・いいえ)→難易度を選択する
7.前作クリアデータの読み込み画面に、はい・いいえ・ダウンロードの選択肢が表示されるので、「はい」を選択し、該当のセーブデータを選択する
◆PS3/PS Vita「英雄伝説 閃の軌跡」の場合
事前にPS3/PS Vita「閃の軌跡」において<終章・トリスタ防衛線時の最終突撃前>にクロスセーブでアップロードしておく必要があります。

【手順】
1.PS3/PS Vita版「閃の軌跡」を起動する
2.LOAD GAMEで<終章・トールズ士官学院>を選択しロードする
3.<終章・トリスタ防衛線時の最終突撃前>で、[CAMP MENU]→[SYSTEM]→[CROSS-SAVE]→[UPLOAD]する
4.「閃の軌跡」を終了する
5.PS4「閃の軌跡II・改」を起動する
6.NEW GAME→「閃の軌跡III」のセーブデータ読み込み(はい・いいえ)→難易度を選択する
7.前作クリアデータの読み込み画面に、はい・いいえ・ダウンロードの選択肢が表示されるので、「ダウンロード」を選択する